Como discutido até o momento, existem alguns motivos para promover um cruzamento consanguíneo controlado. No entanto, este tipo de cruzamento será sempre menos seguro do que a reprodução entre animais com parentesco distante. Assim, a decisão sobre realizar ou não o cruzamento entre parentes cabe ao criador, uma vez que somente ele pode avaliar sua disposição de correr riscos. Ainda assim, é importante saber que existem riscos maiores e menores, o que é quantificado pelo coeficiente de consanguinidade (COI), especialmente aquele calculado somente para as últimas gerações (5 ou 6 gerações no máximo). É importante lembrar que quanto maior este valor, maior o risco, uma vez que um COI de 18%, por exemplo, indica que o animal será homozigoto em 18% dos seus genes. Se compararmos com outro animal com um COI de 7%, por exemplo, o mesmo será homozigoto para somente 7% dos genes, o que indica menor chance de ser homozigoto também para doenças recessivas. Portanto, o COI demonstra o risco de um cruzamento consanguíneo, e estudos a partir de animais de produção indicam que um valor de COI é considerado de alto risco quando for acima de 11%.

         A segunda maneira através da qual é possível aumentar a segurança em um cruzamento consanguíneo é priorizando exames de DNA nos animais a serem cruzados, especialmente para as doenças mais comuns na raça. Existem dezenas de doenças genéticas para as quais exames de DNA já estão disponíveis, mas o número de doenças comuns em cada raça é bastante reduzido (uma, duas ou no máximo três doenças com prevalência acima de 5%). Assim, antes da decisão de reproduzir um casal que tenha parentesco, é importantíssimo a realização deste tipo de teste, para ter certeza de que se um animal for heterozigoto (portador assintomático ou carrier), o outro não será também. Afinal de contas, se são parentes, a chance de ambos serem portadores para a mutação em questão é muito maior do que se dois animais sem parentesco fossem cruzados. Quanto maior for o valor de COI em um cruzamento consanguíneo, maior é a importância de testar os animais para as doenças comuns. Este raciocínio poderá detectar previamente animais portadores para estas doenças, porém não diminui a chance prevista pelo COI do filhote nascer com outras doenças não testadas.

         Por último, é importante salientar que animais utilizados repetidas vezes como  reprodutores – geralmente  machos – deveriam obrigatoriamente ser testados geneticamente, ao menos para as doenças comuns. Quando um padreador se torna famoso devido a suas características físicas, é comum que seu sêmen seja congelado, e continue sendo utilizado para o estabelecimento de linhas de sangue, através de linebreeding, mesmo após sua morte. Este animal poderia ter inúmeras qualidades físicas, e inclusive é provável que não tivesse uma única doença genética ao longo de toda sua vida. No entanto, se ele era portador de uma única mutação recessiva (o que é muito provável), sua utilização excessiva pode provocar o aumento agravante da prevalência desta doença na raça. Existem diversos exemplos deste tipo de situação, em quase todas as raças e espécies.

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