Apesar do aumento de chance de problemas em animais com pelagem merle, a maior importância do conhecimento sobre esta pelagem reside no cuidado em cruzamentos, afinal quando dois animais merle (Mm) são cruzados, 25% da ninhada (ou um em cada quatro filhotes) nascerá com a característica conhecida como duplo Merle (MM). Estes animais são predominantemente brancos, normalmente têm olhos azuis e muitas vezes exibem uma ampla gama de alterações auditivas e oftalmológicas, como as descritas anteriormente. No entanto, além destes problemas serem muito mais comuns em cães duplo merle, seu aparecimento costuma ser também mais grave. Animais surdos de ambos os ouvidos, e com um conjunto de problemas oculares (em vez de somente um problema), são bastante comuns em cães duplo merle de todas as raças. Algumas vezes os filhotes duplo merle nascem completamente brancos, possuindo o nariz rosado e os olhos azuis devido à falta de pigmento. Além disto, essa falta extrema de pigmento acarreta outros problemas, como a sensibilidade excessiva a raios solares.

            Por esta razão, o cruzamento entre dois cães com a cor merle é fortemente desencorajado, não apenas por gerar cães que estão fora do padrão (por possuir muito branco na pelagem e falta de pigmento) mas também por se tratar de um cruzamento arriscado, com uma grande probabilidade de gerar filhotes com o fenótipo duplo merle. Veja abaixo exemplos de animais duplo merle (Border Collie, Dogue Alemão, e Dachshund, respectivamente. No Dogue Alemão, o problema é ainda mais sério, pois um segundo gene, chamado ARLEQUIM, atua. Leia mais sobre isto aqui.)